Instytut Ekonomii i Zarządzania powstał we wrześniu 2005 roku, po nadaniu przez Ministra Edukacji Narodowej i Sportu Wyższej Szkole Turystyki i Hotelarstwa z siedzibą w Bydgoszczy uprawnienia do prowadzenia wyższych studiów zawodowych na kierunku „ekonomia” (Uchwała nr 219/2005 z dnia 16 czerwca 2005).
Początkowo nosił nazwę Instytutu Ekonomicznego, by później przekształcić się w Instytut Ekonomii i Zarządzania.
Początkowo Instytut zajmował pomieszczenia w zabytkowym Pałacu przy ul. Garbary 2, jednak w roku 2006, po wybudowaniu budynku „K” przy ul. Naruszewicza, znalazł tam swą nową siedzibę. Obecnie Dyrektorem Instytutu jest dr Mariusz Barczak.
W 2009 roku do struktury Instytutu weszła również Katedra Transportu, Spedycji i Logistyki (obecnie Zakład Logistyki i Zarządzania) W 2010 roku Wyższa Szkoła Gospodarki uzyskała uprawnienia do prowadzenia kształcenia na kierunku ekonomia na poziomie studiów drugiego stopnia.
Instytut Ekonomii i Zarządzania oraz jego jednostki organizacyjne są odpowiedzialne za kształcenie na kierunku „ekonomia” oraz prowadzenie prac naukowych i badawczo-rozwojowych w dyscyplinie ekonomia. Zadaniem Instytutu jest koordynowanie pracy zakładów i pracowni, nadzorowanie procesu kształcenia na kierunku „ekonomia” oraz dbałość o zapewnienie wysokiej jakości kształcenia i rozwoju kadry naukowo-dydaktycznej jednostki, wynikający ze stosowania wewnętrznego systemu zapewnienia jakości oraz inicjowanie i prowadzenie badań, w tym także przygotowywanie projektów współfinansowanych z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej oraz innych źródeł.
Oferta edukacyjna na kierunku „ekonomia” obejmuje studia licencjackie oraz magisterskie, stacjonarne i niestacjonarne. Niektóre zajęcia prowadzone są w języku angielskim. Programy nauczania odpowiadają standardom kształcenia ustalonym dla kierunku studiów „ekonomia” oraz standardom edukacyjnym, realizowanym na partnerskich uczelniach zagranicznych, co umożliwia studentom odbywanie części studiów za granicą. Ponadto Instytut Ekonomiczny inicjuje powoływanie nowych specjalności kształcenia i profili dyplomowania, współpracuje z Biurem Karier i innymi jednostkami uczelnianymi, współodpowiedzialnymi za kształcenie na kierunku „ekonomia”.
Z dniem 15 września 2021 r. Instytut Ekonomii i Zarządzania WSG uległ reorganizacji, wskutek której powstały: Instytut Ekonomii oraz Instytut Zarządzania, Gospodarki i Usług Turystycznych.
Instytut Ekonomii WSG posiada szeroką ofertę specjalności zarówno na studiach licencjackich (Ekonomia), inżynierskich (Logistyka), jak i magisterskich (Ekonomia, Zintegrowany System Bezpieczeństwa Narodowego).
